Protein forbindes normalt med to ting når det gælder havre, nemlig mængden og kvaliteten af selve proteinet. Havreprotein har en meget jævn kvalitet så for havre er det mængden der er vigtig at optimere.
Kvælstof er en fundamental komponent i aminosyrer, som er byggestenene i kornets proteiner. Kornsorter bruger først den tilgængelige kvælstof til at skabe udbytte. Når udbyttet er tilfredsstillende vil resten af kvælstoffet blive brugt i produktionen af kernernes proteinindhold. Høje kornudbytter er kendt for at fortynde mængden af protein i kornet og det er derfor vigtigt at holde øje med afgrøderne når de nærmer sig kernefyldningsfasen. Senere anvendelse af kvælstof vil hjælpe med at dæmpe fortyndingseffekten. Ikke-optimal anvendelse af kvælstof fører til lave proteinindhold.
Svovl er en stor vigtig del i proteinerne og er derfor vigtig for både kvaliteten, men også mængden af protein. Svovl findes i nogle af de vigtigste aminosyrer, som er med til at skabe proteinerne, heriblandt i: cystein, methionin, threonin og lysin. Planterne har behov for svovl for at kunne udnytte tilgængeligheden af kvælstof. I kornsorter skal kvælstof-svovl forholdet være 7-10 / 1. Svovlanvendelse forbedrer også den totale mængde af protein. Det højeste proteinudbytte vil opnås hvor både kvælstof og svovl forsyningen er optimal.
Mangan og zink spiller begge en vigtig rolle i planteprocessen, herunder metabolismen af kvælstof. Forbedret kvælstofmetabolisme forhøjer mængden af kvælstof, som indlejres i proteinerne under udviklingsprocessen.